博雅辑因与魏文胜课题组再次联合发文,公开新技术可进一步增强CRISPR高通量筛选

近日,博雅辑因(EdiGene)与北大魏文胜课题组在Genome Biology杂志联合在线发表了题为“Guide RNAs with embedded barcodes boost CRISPR-pooled screens”的研究论文,公开了一种构建CRISPR文库的新方法——iBar技术。该方法为在体内或原代细胞系等细胞数量有限的情况下进行高通量基因组研究提供了重要工具。


(在线文章截图) 

CRISPR/Cas9系统作为强大的基因组编辑工具被广泛运用于基因的功能性筛选研究。而CRISPR高通量基因组筛选技术,则是一种使用CRISPR/Cas9将某个细胞群体改造成同时拥有许多种基因突变的细胞库,然后利用药物、细胞因子等不同的环境条件对这个细胞库中不同基因型的细胞进行筛选,高通量地对大量的基因进行功能研究。为保证筛选准确性,需要尽可能避免“搭车效应”。即避免一个细胞中因同时出现多种基因突变而互相干扰对其功能的研究。目前通行的办法,是要求在慢病毒侵染构建文库时保证较低的感染复数(MOI);同时为获得高度可重复性的结果,需要多组实验重复。这些要求使常规筛选工作量巨大;同时当细胞来源受限时(如原代细胞、体内研究等),难以实现大规模的功能性筛选研究。而本次公布的iBar技术则刚好可以解决以上问题。

iBar技术通过重新设计的sgRNA被赋予多条分子条码(Internal BarcodeiBar,如图所示)。



这些内置分子条码能够多次、独立追踪sgRNA富集程度,结合重新适配的MAGeCKiBAR的生物信息学分析方法,成功避免了在高感染复数条件下的“搭车效应”,提高了数据可靠性。与常规筛选比较,iBAR方法提高了功能性筛选的敏感性,显著降低由于高感染复数建库筛选中产生的高假阳性和假阴性。

魏文胜课题组在率先在20142018年,先后实现了针对蛋白质编码基因和长链非编码RNA的高通量功能性筛选(Zhou et al. Nature 2014; Zhu et al. Nature Biotechnology 2016; Liu et al. Nature Biotechnology 2018)。而本次与博雅辑因联合发表的iBar技术,则首次实现了在高MOI条件下的高通量功能性筛选,显著降低了工作量,提高了筛选准确性,为在原代细胞或动物体内筛选提供了重要工具。

 

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博雅辑因(EdiGene)是专业的基因组编辑公司,致力于将前沿的基因组编辑技术转化为治病救人的良方;同时使用创新的高通量遗传筛选技术,产生功能性生物大数据,为新药开发提速。目前,EdiGene已建成GMP级别基因编辑治疗产品生产基地,为治疗产品的临床阶段做准备。同时,基于拥有大量自主知识产权的高通量基因组筛选平台,EdiGene已与多家大型药企及高校科研单位建立起合作关系。

EdiGene是国家高新技术企业,被生物技术顶级期刊Nature Biotechnology评为2017受资本青睐的十家技术密集型初创企业之一。在北京、广州及美国拥有分公司。

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