利用CRISPR技术,同时敲除上千个基因

利用功能缺失的策略进行的高通量遗传筛选,是研究人员快速寻找调控特定表型的重要或关键基因的主要方法。CRISPR技术的兴起,使高通量筛选基因更加快速简便,并能准确的实现基因组敲除等编辑功能,因而成为一种强大的遗传筛选工具。相比之前的RNAi干扰的方法,应用CRISPR技术进行的基因敲除更加稳定,确保基因功能完全缺失,是研究人员快速发现新靶点新基因的重要方法。

博雅辑因拥有专业的高通量遗传筛选技术平台,同时有专业生物信息技术人员运用新的算法设计高效率的sgRNA文库,经验丰富的实验技术人员严格把控实验的每个步骤,双周提供实验进展报告,让您放心的把实验交给我们。

工作流程

博雅辑因使用混合型文库筛选策略,我们拥有一系列针对人类、小鼠以及其他物种的sgRNA文库,与此同时,我们也提供定制服务。整个筛选由使用包含sgRNA文库的慢病毒侵染细胞开始,在合理控制侵染复数(multiplicity of infection,MOI)的基础上,我们能够保证每个被侵染的细胞,仅有单一的sgRNA被整合进细胞的基因组。在侵染完成后,我们会依据所需研究的问题对细胞施加选择压,通过对细胞表型的观察对细胞进行聚类,后续则利用深度测序观察不同类别细胞群内sgRNA丰度的变化,来判断哪些基因参与在我们研究的生物问题中。

screening​​​

CRISPR高通量编码基因筛选适用于:

  • 寻找潜在的药物靶点;
  • 筛选相关的生物标志物;
  • 筛选细胞活性、药物敏感性或耐受基因;
  • 指导临床实验中的入组病人选择;
  • 发现潜在联合治疗的靶点或信号通路;
  • 筛选潜在的合成致死基因,开启制药新思路。

 

案例展示:全基因组筛选发现炭疽和白喉毒素毒性至关重要的宿主基因

 

目的:通过构建人类全基因组文库,利用慢病毒系统来构建人源细胞文库结合高通量深度测序技术寻找炭疽和白喉毒素在人体中的宿主基因。

方法:

  •  Edi-HTSTM HTSLV60401 博雅辑因人类全基因组sgRNA文库,人类 Whole Human Genome病毒文库Edi-HTSTM WHG是sgRNA载体文库,总共225484条sgRNA,其中每个编辑基因均有 6-10 个靶点 sgRNA, 基因数达到了 18823 个基因。Edi-HTSTM WHG 文库可以在人类细胞内敲除所有的 Whole Human Genome 相关编码基因;
  • 利用Edi-HTSTM WHG文库构建HeLa细胞文库;
  • 将PA/LFnDTA和diphtheria toxin (DT)加入到细胞文库中进行筛选;
  • NGS检测筛选后的细胞,进行数据分析,找到潜在靶点。

 

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图2 炭疽和白喉毒素筛选后的关键宿主基因

 CRISPR高通量LncRNA筛选


Reference

1. Zhou Y, Zhu S, Cai C, Yuan P, Li C, Huang Y and Wei W*. (2014) High-throughput Screening of a CRISPR/Cas Library for Functional Genomics in Human Cells. Nature 509(7501): 487-91.

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